Η προσπάθεια για την ίδρυση Πανελλήνιας Λέσχης Φίλων Ηρακλή ξεκίνησε ως την αγωνιστική περίοδο 2006-2007 όταν και τα διοικητικά προβλήματα του συλλόγου γονάτισαν τα αγωνιστικά τμήματα με αποτέλεσμα να απειλείται με υποβιβασμό η ομάδα ποδοσφαίρου και να αγωνίζεται στην Α2 η ομάδα μπάσκετ.

Παρά τα προβλήματα, η προσπάθεια συνεχίστηκε και τελικά το Δεκέμβρη του 2008, μια ομάδα ατόμων που αποτελείται από ένα τμήμα της παράταξης του Γ.Σ "Αλλαγή - Νέα πορεία" και ένα τμήμα μελών της διαδικτυακής κοινότητας Bluefans συνεργάστηκαν για να ιδρυθεί η Λέσχη, προσπαθώντας να δημιουργήσει μια νέα γενιά ενεργών μελών του Γ.Σ που θα βοηθήσει στην αποτελεσματικότερη διοίκηση των τμημάτων του Ηρακλή.